Pour coordonner et administrer le mouvement scout à l'échelon national, éviter trop de disparités entre Lille, Perpignan, Brest et Strasbourg et former les chefs des différents groupes, le mouvement s'est doté d'un centre national afin d'aider les groupes SUF dans leur mission qui est de faire vivre le scoutisme aux jeunes qui leur sont confiés. Mais ce centre national est secondaire : sa tâche est d'être au service des groupes (d'ailleurs il n'a aucune autorité sur eux).

Le centre national se compose de 4 structures :

Une assemblée délibérante : le conseil national. Il regroupe 15 membres élus par l'assemblée générale des chefs aux J.N.(Journées Nationales) (1/3 est renouvelé chaque année), et 8 membres qui y siègent de droit (les 6 commissaires nationaux de branche, le commissaire général et le secrétaire général de l'association). Le conseil national décide des grands projets et mène les réflexions relatives au mouvement (évolutions pédagogiques, modification des structures, déménagement du centre national...).

Un organe exécutif : le bureau national. C'est un petit groupe élu par le conseil national en son sein et qui comprend le comptable de l'association. Il est chargé d'exécuter les décisions prises par le conseil national.

L'équipe nationale SUF qui comprend le commissaire général et les 6 commissaires nationaux de branche, tous nommés par le conseil national. Chaque commissaire national compose et dirige son équipe nationale comme un chef d'unité mène sa maîtrise. Ainsi il y a l'équipe nationale éclaireurs (E.N.E.), l'équipe nationale guide (E.N.G.) etc... L'équipe nationale s'occupe de la rédaction des différentes revues, est responsable de la formation des chefs et donne les autorisations de camper en signant les dossiers de camp. Le commissaire général et les commissaires de branches sont les seuls à disposer d'une autorité sur les chefs de groupe.

Le président de l'association qui assure la représentation juridique et la responsabilité auprès des pouvoirs publics (actuellement c'est Antoine Renard, personnalité mythique chez les SUF).

Enfin il existe des délégués régionaux qui sont normalement chargés de représenter leur région auprès du centre national et de faire descendre l'information et les décisions prises par le conseil national ou l'équipe nationale vers les groupes. Mais ces délégués n'ont pas d'autorité sur les groupes. En fait, les SUF se caractérisent par des structures légères puisque très peu de personnes disposent d'un pouvoir d'autorité : les chefs de groupe et les 7 commissaires qui ont accès direct les uns aux autres.